同进口大豆相比国产大豆的最大优势是非转基因、高蛋白含量。国内食用大豆食品企业、大豆蛋白粉加工企业对国产高蛋白大豆有较大的需求，但是由于育种及种植管理方面的问题，国产商品大豆蛋白含量很难达到40%以上。提高国产大豆蛋白含量是国内大豆育种和种植者共同的目标。
2017年黑龙江、内蒙古、吉林地区大豆质量整体较好。完整粒率、中等以上比例、粗蛋白质（干基）平均值和达标高蛋白大豆比例（符合三等标准）均为今年最高；粗脂肪（干基）平均值、达标高油大豆比例（符合三等标准）较上年有所降低。
其中：大豆完整粒率平均值达到91.1%，为近年最高水平；损伤粒率平均值6%，好于上年；符合等内品要求的比例为80.9%，较上年大幅提高20.4个百分点；粗脂肪含量平均值20.1%，达标高油大豆比例50.6%，均上年大幅降低27个百分点；但粗蛋白含量平均值40.1%，较上年增加1.6个百分点，达标高蛋白大豆比例为58.0％，较上年大幅增加39.6个百分点。
由于国产大豆主要消费渠道为食用及食品加工，且油用大豆与进口大豆相比处于竞争劣势，而食用大豆价格远高于油厂收购价格较低，价差经常达到1000元／吨左右的水平。因此，农户多倾向选用蛋白质含量高的大豆品种种植。